Quando o mundo de Marisa Cortez Wilson, uma antiga agente secreta, fica virado do avesso pela ameaça do vilão TimeKeeper, ela é obrigada a regressar ao ativo para salvar o mundo. Mas, desta vez conta com a ajuda de Rebecca e Cecil os seus dois filhos gémeos de 10 anos, que se tornam os novos agentes da divisão secreta SpyKids. Com o apoio dos já conhecidos elementos da família SpyKids, Carmen e Juni Cortez, e a ajuda de fantásticas armas secretas, Rebecca e Cecil talvez cheguem a tempo de salvar o mundo da terrível ameaça de TimeKeeper.