O projeto de exploração de Marte foi destruído por um ataque alienígena em 2039. Sete anos mais tarde, as Nações Unidas lançam uma missão de busca e destruição dos alienígenas no espaço profundo. Mikako e Noboru terminaram suas provas para entrarem na escola secundária ou parecia ser. Entretanto Mikako é escolhida para participar como piloto desta missão, e isso os separa. Quando ela se encontra no espaço, sua única forma de comunicação é por e-mail, que demora cada vez mais para ir e vir, enquanto as naves espaciais viajam para fora do sistema solar.