Wegener viajou para a Alemanha em 1930 para se submeter a uma cirurgia em fase experimental. O Rei da Dinamarca invalidou o casamento e Wegener conseguiu mudar legalmente o seu nome para Lili Elbe. Durante dois anos submeteu-se a cinco cirurgias incluindo tentativas de transplante de ovários e de um útero. A rejeição do organismo e complicações pós-operatórias acabaram por provocar-lhe a morte prematura, aos 48 anos.