Situado no ano 2000 (entre os eventos de Patlabor e Patlabor 2), quando o nível de acidentes de trabalho começa a aumentar em torno da Baía de Tóquio, os detetives policiais Kusumi e Hata são designados para investigar. O que eles descobrem leva a uma série de encobrimentos governamentais, conspiração sobre uma nova arma biológica intitulada WXIII-Wasted Thirteen e uma trágica conexão pessoal com Hata. A única esperança para acabar com essa ameaça é cooperar com os militares e liderar WXIII em um confronto com o Labors da divisão de veículo especial 2.