A Mistérios S.A. (título em Portugal) ou Mistério S/A (título no Brasil) vai visitar a faculdade onde estuda um velho amigo deles, lá eles descobrem sobre o vírus fantasma que acabou sendo criado por alguém. Mas eles acabam indo para o espaço cibernético onde eles vão ter que enfrentar muitas aventuras no mundo virtual.