Ofélia, uma sonhadora com 10 anos, muda-se para Navarra com a sua mãe, grávida e frágil para conhecer pessoalmente o seu novo padrasto, Capitão Vidal, um oficial fascista com ordens para eliminar os rebeldes do território remoto. Capitão Vidal instala-se numa velha fábrica. Arrogante e intimidador, não faz qualquer esforço para se aproximar da enteada. Sozinha, a criança, em busca de companhia, recorre a Mercedes, uma jovem cozinheira que trabalha para as tropas de Vidal. Ofélia, fascinada por contos de fadas, descobre um grandioso labirinto a desmoronar-se atrás da fábrica. No centro do labirinto ela conhece Pan, um velho brincalhão que diz saber a verdadeira identidade e o destino secreto de Ofélia. Ela é uma princesa, a filha desaparecida do Rei das Fadas. Pan oferece-lhe a oportunidade de voltar ao subterrâneo e governar o reino mágico do pai. Mas primeiro, ela deve executar três tarefas antes da lua cheia.