Dezasseis anos atrás, um ninja mascarado invocou o Kyuubi, a raposa de nove caudas, em Konoha. Este ninja, cujo nome já se conhece no anime, Tobi, enfrentou o Quarto Hokage que tentava defender a aldeia. Minato, juntamente com Kushina, conseguiram salvar a aldeia, selando o Kyuubi dentro de Naruto. No entanto, no presente, Naruto e Sakura encontram-se novamente com Tobi e este usa o Tsukuyomi Limitado neles, uma técnica que transfere as vítimas para um universo paralelo. Cabe aos dois descobrirem uma forma de voltar ao mundo original.