Walka pomiędzy Ziemskim Sojuszem (Naturalnymi) a organizacją ZAFT (Koordynatorami) trwa. Kira Yamato wraz ze statkiem Archanioł kontynuuje podróż po Ziemi. Znajdują oni końcu schronienie w neutralnym państwie – Królestwie Orb. Athrun i reszta pilotów – koordynatorów nie mogą uwierzyć w fakt, że Archanioł został zniszczony zgodnie z zapewniami Królestwa Orb. Wkrótce dochodzi do najkrwawszej walki miedzy Kirą a Athrunem – przyjaciółmi z dzieciństwa. Podczas walki oba Gundamy zostają zniszczone a po Kirze nie zostaje ślad. Archanioł dociera na Alaskę gdzie znów musi stanąć do walki, ponieważ ZAFT realizuje wielką operację militarną przeciwko Ziemskiemu Sojuszowi. Calem ataku stają się bazy na Alasce i w Panamie. Poczynania Archanioła zostają uznane przez Sojusz Ziemski jako zdrada.