Królestwo Orb w wyniku ataku Sojuszu Ziemskiego upadło. Jednak zanim baza wojskowa Orb zostaje zniszczona, wysyła on załogę Archanioła i Kusanagi w kosmos, by tam ostatecznie zakończyli toczącą się od ponad roku wojnę. Główną bronią stają się ocalałe Gundamy Królestwa Orb, a także najnowsze Gundamy: Wolność i Sprawiedliwość. Do załogi przyłącza się Lacus Clone piosenkarka, która wykradła z bazy Haftu statek bojowy. Tymczasem Sojusz Ziemski powołuje załogę statku podobnego do archanioła Dominiona do zniszczenia zdradzieckiego Archanioła. Jednocześnie Sojusz Ziemski stosuje broń jądrową do zniszczenia bazy kosmicznej ZAFT. W wyniku tych działań, ZAFT ujawnia swą broń GENESIS, stację bojową, która jest zdolna do zniszczenia Ziemi. Kira i Athrun wraz z sojusznikami muszą przeciwstawić się siłom Sojuszu Ziemskiego i ZAFT by ocalić ludzkość przed zagładą. Jedynym rozwiązaniem jest zniszczenie Genesis i pokonanie największego wroga; fanatycznego Koordynatora Rau Le Creuset