Doktor Animo skonstruował bombę DNA. Podczas niszczenia jej (1 wersja – Inferno; 2 wersja – Szybcior; 3 wersja – Gała) przez Bena, Omnitrix ustawia się na tryb samozniszczenia. Ma to dodatkowo moc zniszczenia całego wszechświata. Teraz Ben musi odnaleźć twórcę Omnitrixa, Azmutha (który jest Szarą Materią); tylko on może wyłączyć ten tryb. Benowi w dotarciu do niego pomagają Gwen, Tetrax (który w kreskówce wystąpił jako Hoveboard), jego pomocnik Gluto i pomocnica Azmutha – Myaxx. Podczas podróży po kosmosie cała piątka będzie musiała się zmierzyć z przeszkodami, a mianowicie Vilgaxem, potem w Omnitrixie pojawi się nowy kosmita – Największy.