Het gaat over Rebecca Miyamoto, die op 10-jarige leeftijd afstudeert aan de universiteit en nu op 11-jarige leeftijd de nieuwe lerares van de 1-C wordt. In de klas raakt Becky - zoals ze door haar leerlingen wordt genoemd - bevriend met Rei, Rokugo, Himeko (Maho), Miyako, Kurumi en de klassenvertegenwoordiger Ichijou en maakt gekke dingen mee. Hoewel de beschrijving nog steeds normaal klinkt, moet je geen normaal plot verwachten in deze anime. Integendeel, Pani Poni Dash! gewoon een gekke anime waarin een konijn zonder vertrouwen kan praten en een kat in de automaat God is. Een groot deel van de humor in Pani Poni Dash! is gebaseerd op parodieën op de westerse en oosterse cultuur. Je kunt bijvoorbeeld Mario, Star Trek en "The Exorcist" herontdekken.