Op een noodlottige dag werd de hele mensheid versteend door een verblindende lichtflits. Na enkele millennia wordt middelbare scholier Taiju wakker en raakt verdwaald in een wereld van beelden. Hij is echter niet de enige! Zijn wetenschapsminnende vriend Senku is al een paar maanden actief en hij heeft een groots plan in gedachten: de beschaving een nieuwe impuls geven met de kracht van de wetenschap!