Katana Maidens: Toji no Miko gaat over heiligdommaagden die de wereld sinds de oudheid beschermen door vreemde bestaansvormen, de zogenaamde “Aratama”, met hun zwaarden uit te drijven. Deze meisjes worden ook wel “Toji” genoemd en dienen als officiële politie-eenheid. Bovendien mogen ze van de overheid dienen als overheidsfunctionarissen en zwaarden dragen. Maar dat is nog niet alles, want speciaal voor deze bijzondere meisjes heeft de overheid vijf scholen in het land gebouwd. Naast hun taken kunnen ze ook een heel normaal leven leiden, maar zijn ze ook voorbereid op hun feitelijke taken om mensen te beschermen. Elk voorjaar selecteren de vijf scholen hun beste Toji en sturen ze naar een toernooi, waar de meisjes hard trainen zodat ze hun school op de juiste manier kunnen vertegenwoordigen en hun vaardigheden kunnen verbeteren.