Het verhaal speelt zich af in een wereld waar een groep meisjes zichzelf "Magic Girls" of "Mayo" noemt. Om zich zo onopvallend mogelijk aan te passen aan hun omgeving, houden ze hun magische krachten geheim. Dankzij deze aanpak leefden zij en haar nakomelingen jarenlang ongestoord en in harmonie met andere mensen. Sinds haar geboorte heeft Sasami de speciale vaardigheden die een "magisch meisje" onderscheiden. Op driejarige leeftijd wordt ze door haar ouders verplicht om haar inherente krachten voortaan voor anderen te verbergen en ze niet meer te gebruiken. Lange tijd gaat alles goed - maar wanneer een nieuwe uitwisselingslerares genaamd Wajuu aan het begin van een nieuw schooljaar naar haar school komt, begint Sasami"s leven enorm te veranderen.