Toen hij nog een kind was, was Murakami bevriend met een meisje dat hij Kuroneko noemde. Op een dag, terwijl ze het bestaan ​​van buitenaardse wezens aan Murakami probeert te bewijzen, komt ze om het leven bij een ongeval dat hij ternauwernood overleeft. Murokami is schuldig aan zijn rol bij het ongeval en besluit zijn leven te wijden aan het bewijzen dat buitenaardse wezens bestaan. Dan, op een dag, komt er een nieuwe leerling met mysterieuze krachten in zijn klas, die niet alleen veel op Kuroneko lijkt, maar ook Kuroha, Neko, heet.