De bewoners van de planeet Thundera evacueren vlak voordat deze wordt vernietigd. Ze werden achtervolgd door een bende mutanten. Op één na werden alle ontsnappingsschepen vernietigd. Slechts een kleine groep Thunderans (Thundercats) bleef over. Met slechts de helft van het motorvermogen moest de groep, die onder leiding stond van Jaga, koers zetten naar de dichtstbijzijnde planeet. Jaga voerde het bevel over hun schip. Jaga stierf tijdens hun reis naar de Derde Aarde en hun schip stortte daar neer. Mumm-Ra, de eeuwenoude belichaming van het kwaad, vormt samen met de mutanten een constante bedreiging. Maar Lion-O, de nieuwe leider van de Thundercats, zal met zijn wapen het 'Sword of Omens' de Thundercats helpen zodat ze een kans te maken.