Het verhaal speelt zich af in de prefectuur Nagasaki in de stad Minami Shimabara, de legendarische oorsprong van de Shimabara-opstand die in de vroege Edo-periode schokgolven door heel Japan veroorzaakte. Het is ook de plek waar Shirou, een derdejaars middelbare scholier, zijn dagen doorbrengt met zijn schoolvrienden. Op een zomerdag keert Shirou's oudere jeugdvriend Akane vanuit Tokio terug naar Minami Shimabara. Shirou en Akane maken een wandeling door Minami Shimabara met een andere oude vriend, Tokiya. Terwijl deze vrienden te maken hebben met nostalgie en complexere gevoelens, verschijnt plotseling een mysterieus wezen genaamd Goron voor hen. Deze ontmoeting met een klein wezentje zorgt ervoor dat er opnieuw grote gebeurtenissen plaatsvinden in deze stad...