De stad heeft helden nodig. Duisternis hangt boven New York City als Shredder en zijn kwade Foot Clan een ijzeren greep hebben op alles van de politie tot aan politici. De toekomst is grimmig tot vier broers vanuit de riolen hun lot ontdekken als Teenage Mutant Ninja Turtles. De Turtles moeten werken met onverschrokken reporter April en haar bijdehante cameraman Vern Fenwick om de stad te redden en Shredder's duivelse plan zien te ontrafelen.