Mary Reilly is de nieuwsgierige meid in het huishouden van Dr. Jekyll (John Malkovich), een charmante werkgever die echter een groot geheim heeft waar ze maar wat graag achter wil komen. Ze weet zeker dat het geheim te maken heeft met zijn vreselijke assistent Mr. Hyde, maar ze zal tot het diepst van zijn ziel moeten gaan om uit te vinden wat het geheim is.