Wanneer Phineas, Ferb en Perry Dr. Doofenshmirtz door zijn "Anderedimensienator" volgen, belanden ze in een alternatief universum. In dit universum heeft een tweede, werkelijk slechte Dr. Doof de macht, en heerst hij er met een leger van robots met ijzeren vuisten. Om zijn vrienden te redden, moet Perry een belangrijk offer brengen wanneer hij zijn geheime identiteit als Agent P. moet onthullen. Phineas en Ferb ontsnappen, ontmoeten de 2e dimensie-versies van zichzelf, en gaan zelf op missie om Perry te redden. En zo begint een heldhaftige strijd waarin onze helden hun thuiswereld proberen te redden van de kwaadaardige Dr. Doof…en zijn hulpje Platyborg! Zal de kwaadaardige Doof er in slagen om over beide werelden te heersen? Zal Candace eindelijk haar broertjes betrappen? Kom erachter in dit epische avontuur vol actie, een avontuur dat tijd en ruimte overschrijdt.