In de jaren 90 voegen de Maximals, Predacons en Terrorcons zich in de strijd op aarde tussen de Autobots en de Decepticons. Noah is een doodgewone jongen uit Brooklyn die samen met de ambitieuze researcher Elena bij dit gevecht betrokken raakt. Intussen nemen Optimus Prime en de Autobots het op tegen Scourge, een nieuwe aartsvijand die het op hun ondergang gemunt heeft.