Wanneer aardbevingen Japan opschudden, is professor Saotome zeker dat het het werk van het dinosaurusimperium is. Michiru gaat erop uit om de commandomodule te onderzoeken, maar wordt snel neergeschoten en gewond; De dader is niemand minder dan Megazaus! Team Getter Robo wil graag wraak nemen op Michiru, maar eerst moeten ze de gebroken wegen trotseren en een arts voor haar vinden. Zodra Getter Robo is gevormd, moeten ze Megazaus Underground volgen en hem verslaan voordat hij de steden van Japan vernietigt.