Na het verliezen van zijn vrouw zondert John Dolittle, een dokter uit het Victoriaanse tijdperk, zich af van de wereld met enkel zijn exotische dieren als gezelschap. Wanneer de jonge koningin Victoria echter ernstig ziek is, wordt John gedwongen af te reizen naar een mythisch eiland op zoek naar een remedie. Tijdens zijn zoektocht wordt hij vergezeld door een jonge leerling en een gezelschap aan dieren, waaronder een angstige gorilla, een enthousiaste eend, een cynische struisvogel, een vrolijke ijsbeer en een eigenzinnige papegaai.