Na de mysterieuze Kamen Rider Dark Ghost te hebben achtervolgd, die plotseling was verschenen, komt Takeru Tenkuji aan in een vreemd dorp vol historische figuren. In een poging om 100 Eyecons te verzamelen, wil Alains overleden broer Argos – Kamen Rider Dark Ghost – de Ultimate Eyecon creëren en iedereen op aarde in geesten veranderen. Ondertussen wordt Makoto's vader Daigo Fukami gezien in het dorp. Is Daigo, transformerend in Kamen Rider Zero Spectre, een bondgenoot of een vijand?