De pinguïns van Madagaskar zijn op de zaak! Skipper, Kowalski, Rico en Private zijn terug voor meer avonturen. Door hun commandovaardigheden aan te scherpen vanuit een geheim hoofdkwartier in de Central Park Zoo, is er niets dat deze elite-aanvalsmacht niet aankan. Maar waar ze ook mee te maken krijgen, deze speelse pinguïns vergeten nooit hun hoofddoel: plezier maken!