Het is een jaar geleden dat de oorlog tussen de Aarde en de koloniën voorbij is. Heero, Duo, Trowa en Quatre doen afstand van hun Gundams en schieten deze naar de zon. Net als de Gundam Pilots zich hebben aangepast aan vrede op Aarde, wordt Relena Darlain ontvoerd en een nieuwe bedreiging ontstaat, onderleiding van Marimeia Kushrenada. Om het nog gecompliceerder te maken is Wufei in zee gegaan met deze fractie. De Gundam-piloten moeten achter hun Gundams aan en opnieuw de strijd aangaan, voordat Marimeia's troepen erin slagen hun lust voor totale overheersing te verwezenlijken.