De ruimtelift van Academy City heet Endymion. Wanneer deze bijna af is ontmoeten Kamijou en Index een Level 0 meisje genaamd Meigo Arisa. Wanneer de drie genieten van hun tijd na school, worden ze plots aangevallen door Stiyl en andere magiërs. Hun doelwit is Arisa. Als reactie op de aanval wordt een eenheid gestuurd door de academie om orde te bewaren. Zal Arisa een oorlog ontketenen tussen de magische groep en de wetenschappelijke groep?