Tien jaar in de toekomst moet het elite korps dat bekend staat als G.I. Joe het opnemen tegen de kwaadaardige organisatie Cobra, onder leiding van de Schotse wapenhandelaar Destro. Het elite G.I. Joe team gaat met futuristische spionage en militaire apparatuur de strijd aan met de corrupte Destro en de steeds gevaarlijker wordende organisatie Cobra om de wereld te redden van totale chaos...