Nell'anno Regild Century 1014, è trascorso un intero millennio dalla fine del leggendario Secolo Universale, dove leggende come Amuro Ray e Char Aznable dominavano il campo di battaglia come piloti di mobile suit. La superficie della Terra, un tempo fortemente contesa, è ora in gran parte abbandonata, con l'umanità che preferisce vivere in colonie spaziali e sulla superficie della luna. Bellri Zenam, studentessa della Capital Guard Academy, vive una tranquilla vita accademica, ma i suoi giorni normali finiscono con la cattura del pilota pirata Aida Surugan e del suo mobile suit G-Self. Bellri sente una forte connessione mentale con il G-Self e scopre di essere in grado di pilotarlo. Ben presto si ritrova in contesa con la "Guardia della Capitale", una fazione radicale che segue il proprio programma segreto nonostante i desideri dell'esercito americano, che detiene ancora il potere sulla Terra.