Ethan Burke è un agente dello United States Secret Service che, durante la ricerca di due agenti federali scomparsi, fa un incidente in macchina e perde i sensi. Si risveglia in ospedale e qui conosce l'infermiera Pamela Pilcher, quest'ultima gli dice che si trova ricoverato a Wayward Pines, una piccola cittadina dell'Idaho. Ethan si dirige verso la stazione della polizia con l'intenzione di recuperare i propri oggetti personali persi durante l'incidente, ma quando vi arriva lo sceriffo afferma di non possederli e lo invita ad andarsene. Colpito dal poco aiuto ricevuto dai servizi e non capendo ancora bene il motivo per cui si trovi lì, Ethan inizia ad esplorare il paese facendo conoscenza dei cittadini ed aumentando ancora di più la propria confusione: gli abitanti appaiono freddi, insensibili, quasi pazzi e divagano a qualsiasi richiesta di informazioni del protagonista.