Nella notte dei tempi, in una caverna, un essere mostruoso aggredisce due uomini primitivi. Ai giorni nostri, questa specie mantiene la sua presenza sul nostro pianeta. A conoscere il segreto non sono solo le vittime, bensì una vasta schiera di potenti del mondo che preparano segretamente la colonizzazione del pianeta. Fox Mulder e Dana Scully si trovano a Dallas, esautorati dall'FBI sui casi X-files: di fronte a un delicato caso di terrorismo, si rendono conto che la posta in palio non è solo la distruzione indiscriminata. Le complesse trame del complotto li portano a scoprire lo strumento con cui gli alieni intendono propagare il virus (le api): Scully finisce persino ostaggio degli extraterrestri. I due agenti sventano il piano, ma lo scontro per la libertà è solo rimandato.