Anno 2199. La Terra è stata trasformata in un deserto radioattivo dai pesanti bombardamenti dell`impero alieno di Gamilas. L'umanità si è rifugiata sotto la superficie terrestre, ma gli scienziati prevedono un solo anno di sopravvivenza. In questi giorni disperati ecco che dalle profondità siderali giunge un messaggio da parte della regina Starsha di Iscandar, la quale offre ai terrestri un dispositivo in grado di riportare la vita sulla Terra. Ma per recuperare il dispositivo è necessario recarsi sul pianeta Iscandar, un viaggio di 296.000 anni luce da compiere in 363 giorni affrontando l'intera flotta di Gamilas. L'ultima speranza della Terra è affidata alla corazzata spaziale Yamato e al suo giovane equipaggio.