Il pianeta Eltria, dopo aver subito una grave desertificazione in passato, è stato quasi abbandonato. Contro la volontà della sorella maggiore, Kyrie Florian si reca sulla Terra insieme alla sua migliore amica, l'IA Iris, alla ricerca della chiave per la rigenerazione del loro pianeta. Tuttavia, l'unico modo per trovarla si trova all'interno del Tomo del Cielo Notturno, che li porta a scontrarsi con Nanoha e i suoi amici.