La storia di svolge a Yokohama, dove Kenshin è diretto insieme a Kaoru e Sanosuke. Arrivati, fanno subito la conoscenza di un abile samurai, Shigure, che interviene insieme a loro in aiuto di una giovane ragazza presa di mira da un gruppo di marinai. Tra Kenshin e Shigure sembra instaurarsi subito un rapporto di rispetto ed amicizia, ma il passato incombe ancora una volta sul nostro eroe: Shigure prepara a dare il via ad una rivolta militare contro il locale governo, e Kenshin si troverà a doverglielo impedire.