La nuova storia segue le eroiche gesta dell'agenzia cripto-zoologica Monarch e dei suoi membri, che fronteggeranno una serie di mostri dalle dimensioni divine, tra cui il possente Godzilla, che si scontrerà con Mothra, Rodan e la sua nemesi più pericolosa, il mostro a tre teste King Ghidorah. Quando queste antiche super specie – ritenute veri miti – tornano in vita, inizierà la competizione per la supremazia, mettendo a rischio l'esistenza dell'umanità.