La battaglia del protagonista e del suo gruppo, il S.E.E.S., contro i mostri chiamati Shadow, si avvicina alla conclusione. In una battaglia tra la vita e la morte, Makoto e i suoi compagni cercano di porre fine alla Dark Hour; nella loro lotta alcuni si trovano ad affrontare la morte di amici e parenti, altri scoprono quali siano le cose importanti da proteggere e qualcuno trova finalmente il senso di questa battaglia. Davanti a Makoto appare Ryouji Mochizuki, il misterioso studente appena trasferitosi e gli ingranaggi del destino iniziano a girare...