Poco prima che nella Città Accademia venga completato l’ascensore spaziale “Endimione”, Touma fa la conoscenza di una ragazza di Livello 0 (senza poteri speciali) di nome Arisa. Contemporaneamente però una squadra di maghi si infiltra nella città, contrastata da un team interno della Città. La giovane Arisa però potrebbe essere la chiave per scongiurare una possibile guerra tra il mondo della magia e quello della scienza.