Gintoki Sakata (Shun Oguri), Shinpachi Shimura (Masaki Suda) dan Kagura (Kanna Hashimoto) kehabisan uang saat menjalankan kantor Yorozuya mereka. Mereka tidak mampu membayar uang sewa dan memutuskan untuk bekerja paruh waktu. Setiap kali mereka pergi untuk bekerja paruh waktu, mereka bertemu Shogun-sama. Sekitar waktu itu, pasukan khusus Shinsengumi, dipimpin oleh Isao Kondo (Kankuro Nakamura) terbagi di antara mereka sendiri. Konflik internal Shinsengumi menghubungkan konspirasi yang melibatkan Shogun-sama.