Disparition est une histoire multi-générationnelle qui se déroule sur cinq décennies et sur quatre générations, se concentrant sur trois familles: les Keys, les Crawford et les Clarke. Le vétéran de la Seconde Guerre mondiale, Russel Keys, est tourmenté par des cauchemars concernant son enlèvement par des extraterrestres durant la guerre; l'incident de Roswell transforme Owen Crawford de l'ambitieux capitaine de Air Force en conspirateur démoniaque du gouvernement ; Sally Clarke, mariée, mère de deux enfants et malheureuse, est mise enceinte par un extraterrestre. Alors que les décennies s'écoulent, chaque héritier de la famille est victime des machinations des extraterrestres, dont l'apogée est la naissance d'Allie Keys, produit final des expériences des extraterrestres, qui tient leurs destins entre ses mains.