Basé sur le visual novel Grisaia : Phantom Trigger. Après les incidents impliquant Heath Oslo, l'existence de l'organisation anti-terroriste américano-japonaise, connu sous le nom de CIRS, est maintenant connue du public. Le CIRS a été reconstruit à partir de zéro et ses fonctions les plus dissimulées ont été transférées dans une nouvelle agence : SORD ([i]Social Ops, Research & Development). Le but principal de SORD est d'entraîner une nouvelle génération d'espions pour défendre le pays des menaces futures. Pour parvenir à ses fins, l'organisation a fait construire de nombreuses écoles dans le pays. L'académie Mihama, laissée à l'abandon après sa fermeture soudaine, est devenue une école de formation spécialisée. Ainsi, cette nouvelle académie Mihama abrite différents groupes d'étudiants qui, chaque jour, travaillent durement pour améliorer leurs compétences.