La Tierra es el objetivo de invasión de los Cthuwulf. Una chica joven, Nagisa Kano, se convierte en la clave de la defensa de la Tierra cuando se ve obligada a ser la compañera de Iczer-1, una androide que está combatiendo la invasión alienígena. Iczer-1 no sabe por qué lucha contra los Cthuwulf, y Nagisa no comprende qué importancia tiene ella. Ambas acabarán encontrando sus respectivas respuesta, pero ¿a qué precio?