En la víspera de la restauración Meiji, mientras un Japón aletargado despierta y mira hacia el oeste; un tabernero encuentra a un niño llamado Jiro en un barco a la deriva. Un brillante cuchillo acompaña al chiquillo, la Daga de Kamui. Cuando Jiro cumple los trece años, su familia adoptiva es asesinada, y él es acusado por ello. Tenkai, un sacerdote, lo salva, y lo entrena en los misteriosas artes de los Ninja. En busca de venganza por la muerte de su familia adoptiva, Jiro mata al misterioso Ninja de un solo brazo que, por lo que sabía, los había matado.