A diferencia de las tres películas anteriores, Pure se centra en la relación entre Misu Arata y Shingyouji Kanemitsu, que comienza cuando Shingyouji toma el examen para ingresar a Shidou Gakuen. Fue entonces cuando se encuentra con Misu y se enamora de él. Luego volvemos al presente donde aparece el sempai que admira a Misu, lo que le trae problemas y celos a Shingyouji.