El comando G.I. Joe se enfrenta a un nuevo y maligno enemigo, una antigua sociedad llamada Cobra-La. Esta sociedad de personas serpientes intenta recobrar La Tierra, controlada por aquellos que los enviaron a vivir al subsuelo. El líder de Cobra-La. El líder de Cobra-La. Golobulus, ordena al comandante Cobra y a sus hombres robar un nuevo trasmisor de energía que el comando G.I. Joe ha diseñado. Los planes de Cobra-La son crear una nueva sociedad con nuevas formas orgánicas G.I. Joe tendrá que emplearse a fondo para detener este siniestro plan que destruiría a la sociedad actual.