Σε ένα μακρινό μέλλον η Γη δέχεται επίθεση από μια εξωγήινη φυλή γυναικών-φυτών, οι οποίες κατοικούσαν στη Γη πριν την ανθρωπότητα, και τώρα επέστρεψαν για να την διεκδικήσουν. Ο περιπλανώμενος πειρατής Captain Harlock ενάντια στην ανημποριά και την απάθεια των κυβερνήσεων, παίρνει την κατάσταση στα χέρια του, και μαζί με το badass διαστημόπλοιο του Arcadia και ένα πλήρωμα σαράντα ατόμων, αποφασίζει να παλέψει για την ανθρωπότητα.