In einer fernen Zukunft gibt es nach einem Atomkrieg nur noch wenige Städte auf der Welt, eine von ihnen ist No. 6. In ihr leben die Menschen, geführt von einer technokratischen Regierung, sicher und in Wohlstand. Der Junge Shion wurde als Zweijähriger bei einem Intelligenztest für die zukünftige Elite ausgewählt. Doch als er zu seinem zwölften Geburtstag einem Gleichaltrigen Unterschlupf gewährt, der zu seiner Familie ins Haus flüchtet, wird er aus der Eliteschule verwiesen. Der andere, Nezumi, soll trotz seines Alters ein Schwerverbrecher sein und nun steht auch Shion immer wieder in Verdacht. Mit seiner Familie lebt er nun im Viertel der weniger Intelligenten, denen auch nicht so viel Sicherheit gewährt wird.