Nanoha Takamachi ist eigentlich ein ganz normales Mädchen, das in die dritte Klasse der Grundschule geht. Ihr Leben ändert sich jedoch schlagartig, als sie eines Nachts dem sprechenden Frettchen Yuuno Scrya zu Hilfe kommt, um für ihn nach den 21 Jewel Seeds zu suchen. Doch schon bald tritt eine Gegenspielerin von Nanoha ins Rampenlicht, die ihr gemeinsam mit ihrer Vertrauten Arf die Jewel Seeds streitig machen will. Ihr Name: Fate Testarossa. Ein hitziger Kampf entbrennt zwischen den beiden jungen Magierinnen, an dessen Ende das Schicksal der ganzen Welt auf dem Spiel zu stehen scheint. Es handelt sich hierbei um eine Zusammenfassung der ersten Staffel Mahou Shoujo Lyrical Nanoha, wobei vornehmlich alle Szenen neu aufgearbeitet wurden und nur die grundlegende Geschichte beibehalten wurde.