Bei einem Tauchgang geraten zwei Wissenschaftler und ein Journalist in Gefahr. Sie werden von Kapitän McKenzie mit dem fantastischen U-Boot Alpha gerettet. KcMenzie ist eine Art friedlicher Kapitän Nemo, der in der Unterwasserstadt Äquatoria zuhause ist. Dort leben und arbeiten Wissenschaftler fernab von politischen Einflüssen und Profitgier an Projekten, die dem Wohl der Menschheit dienen sollen. Doch das Untersee-Paradies wird von dem größenwahnsinnigen Malic bedroht, der durch die Errungenschaften von Äquatoria zur Weltherrschaft gelangen will. Neben seiner bösartigen Gattin Lucretia und der brutalen U-Boot-Kommandantin Kuroiga gehören zu Malics Gefolgschaft auch monströse Riesenratten und Fledermausmenschen. Obwohl Kapitän McKenzie friedliche Absichten verfolgt, ist eine finale Auseinandersetzung mit Malic nötig. So macht er sich mit einer Gruppe zu Malics Hauptquartier auf, um dem bösen Treiben ein Ende zu setzen.