Im Jahr 0079 des Universal Century befindet sich die White Base wieder auf der Reise durch den Weltraum, um an einer Offensive der föderalen Truppen teilzunehmen, die dem Krieg ein Ende setzen soll. Char Aznable ist Amuro und seinen Freunden noch immer auf den Fersen. Den Helden der Serie gelingt es oft nur knapp den Fallen und Hinterhalten zu entkommen. So geraten sie von einem Abenteuer ins nächste, bis sie schließlich an zwei entscheidenden Schlachten beteiligt sind, die das Schicksal des Universums bestimmen werden. Neu am Kriegsgeschehen beteiligt sind die New Types.