Mitte des 21. Jahrhunderts hat die Erde durch den steigenden Meeresspiegel infolge globaler Erwärmung einen Großteil ihrer Landmasse verloren. Zeitgleich ist auf den Weltmeeren die mysteriöse „Nebelflotte“ erschienen, die mit ihren denkenden Kriegsschiffen den Menschen den Krieg erklärt hat. Um das Blatt zu wenden geht der Marineoffizierskadett Gunzō Chihaya zusammen mit einigen Kameraden an Bord von I-401, genannt Iona, einer Überläuferin des „Nebels“, um sich zu wehren. Sie nennen sich „Blue Steel“ und erhalten den Auftrag, den Prototyp einer Waffe zu besorgen, der „die letzte Hoffnung der Menschheit“ bedeutet. Nach vielen harten Kämpfen scheint diese Hoffnung aufzugehen, doch was ist ihre nächste Bestimmung? Welcher neue Schatten legt sich über Gunzō und seine Crew?